自二戰(zhàn)以來，柬埔寨可以說是東南亞各國中政權(quán)更迭最多次，也更換過最多次國旗的國家。但是不論國旗如何地更換，象征著古代高棉王朝的吳哥窟（Angkor Wat）一直是柬埔寨國旗最主要的標(biāo)志。
現(xiàn)行的柬埔寨國旗自1948年開始使用，一直到1970年西哈努克（Norodom Sihanouk）被當(dāng)時的首相朗諾（Lon Nol）推翻后，有長達23年的時間未被采用。一直到1993年6月由于親王室的政黨贏得全國大選，并在年底制訂新憲法恢復(fù)君主制，才再度使用現(xiàn)行的國旗。
國旗中的兩條藍色是代表王室，同時也代表著自由、合作與同胞情；中間紅底代表的是人民，利用類似鮮血的顏色來象征人民的勇敢；中間的白色吳哥窟除了是文化象征之外，白色也代表小乘佛教以及團結(jié)、正義與文化傳承。此藍、紅、白的三配色與意涵自1860年代起就已經(jīng)使用，也讓之后不論國旗怎么換，都不出這三種基本配色。
由于西哈努克政府允許越共在北邊的柬越邊境活動，因此時任首相的朗諾推翻了君主政體，建立了親美國的「高棉共和國」（Khmer Republic）。不過由于高棉共和國與鄰近的越南關(guān)系惡劣，因此趁著1975年爆發(fā)柬越戰(zhàn)爭之際，波爾布特（Pol Pot）所率領(lǐng)的赤柬（Khmer Rouge）進入柬埔寨，并于1976年1月成立「民主柬埔寨」（Democratic Kampuchea），展開為期三年多的恐怖統(tǒng)治。
民主柬埔寨的國旗。底色改成共產(chǎn)主義的紅色底，并將吳哥窟圖形簡化以黃色放在中央。
1979年，在蘇聯(lián)與越南的扶持下，韓桑林（Heng Samrin）所率領(lǐng)的柬埔寨人民革命黨攻入金邊，成立「柬埔寨人民共和國」（People’s Republic ofKampuchea）。但由于該政府在國際上被認(rèn)為是傀儡政權(quán)，因此國際上所承認(rèn)的柬埔寨政府仍是赤柬的民主柬埔寨。隨著東歐共產(chǎn)世界的式微，柬埔寨人民共和國為了爭取國際承認(rèn)，1989年更改國名為柬埔寨國（State of Cambodia），同時也修改國旗，意圖沖淡其共產(chǎn)主義色彩，但效果不彰。
柬埔寨人民共和國于1979─1989間所使用的國旗，不為國際上所承認(rèn)。保留了前一代國旗的基本設(shè)計，但是將吳哥窟由三塔改為五塔，同時尖塔造型則較為有棱有角。
隨著越軍撤出柬埔寨以及柬國政府希望尋求國際支持，聯(lián)合國依據(jù)安理會745號決議成立了為期一年的「聯(lián)合國柬埔寨臨時權(quán)力機構(gòu)」（United Nations Transitional Authority in Cambodia），協(xié)助柬埔寨重建、審判赤柬要員，以及監(jiān)督辦理1993年的國會大選。同時制訂了以聯(lián)合國淺藍色為底的聯(lián)柬時期國旗：圖正中央為柬埔寨國土，上面以高棉語寫著「柬埔寨」之國名。
1993年5月，支持王室的拉那烈（Norodom Ranariddh）與左派的洪森（Hun Sen）組成聯(lián)合政府，并于年底制憲恢復(fù)君主制，迎回西哈努克國王擔(dān)任國家元首，并將國旗改回自1970年起停止使用的現(xiàn)行國旗。
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